Удерживать НДФЛ не нужно, даже если контрагент на НПД где-то работает по трудовому договору
Если контрагент-физлицо платит налог на профессиональный доход (НПД), то организация, от которой он получает этот доход по гражданско-правовому договору, не должна удерживать НДФЛ. Из разъяснений ФНС следует, что ситуация не меняется и в том случае, когда гражданин работает по трудовому договору в какой-то другой компании.
Таким образом, организации не нужно выяснять, есть ли у контрагента иные источники дохода и по каким основаниям. На ее налоговые обязанности это не влияет.