Даже в случае, когда компания уведомила ИФНС о своем желании воспользоваться освобождением от НДС с опозданием, отказать в праве применять такое освобождение налоговики не могут.

Источник: Письмо ФНС от 04.07.2019 № СД-4-3/13103@

Согласно п.1 ст.145 НК организации и ИП (за исключением ЕСХНщиков) могут воспользоваться правом на освобождение от обязанностей плательщика НДС. Для этого необходимо представить в ИФНС соответствующее уведомление и подтверждающие право на освобождение документы в срок не позднее 20-го числа месяца, с которого компания решила стать «освобожденцем» (п.3 ст. 145 НК).

Как разъяснила ФНС со ссылкой на судебную практику (п.2 Постановления Пленума ВАС от 30.05.2014 № 33) подачей такого уведомления плательщик НДС не запрашивает у налоговиков разрешение на использование освобождения, а информирует о своем намерении. При этом последствия нарушения срока подачи такого уведомления законодательством не определены. Следовательно, подача уведомления об освобождении от НДС с опозданием, не лишает плательщика НДС права на освобождение.