Покупатель перечислил аванс до 01.01.2019, а после этой датой, в связи с увеличением налоговой ставки с 18% до 20%, доплатил сумму, равную двум процентным пунктам НДС. Может ли покупатель принять доплаченный НДС к вычету?

Источник: Письмо Минфина от 12.04.2019 № 03-07-11/26126

Конечно, да.

Такой НДС-вычет производится на основании корректировочного счета-фактуры, оформленного продавцом. Корректировочный документ выписывается  на разницу между суммой налога по первоначальному счету-фактуре с НДС 18%, и суммой НДС, рассчитанной с учетом размера доплаты налога.