НДС можно принять к вычету частями в разных кварталах по одному счету-фактуре
Минфин не видит препятствий для применения вычета частями в разных налоговых периодах. Такое применение не противоречит налоговому законодательству. Нужно успеть «израсходовать» вычет в течение трех лет после принятия товаров на учет.
Важно, что ведомство приводит исключения, когда так делать нельзя. Речь идет о вычете по основным средствам и оборудованию к установке.
Несмотря на то что Минфин разъяснил этот вопрос по поводу «ввозного» НДС, полагаем, вывод правомерен и для других вычетов, предусмотренных п. 2 ст. 171 НК РФ.
Подобное разъяснение ведомство уже давало.

Недействительная сделка: продавец вправе уточнить базу по НДС в том периоде, в котором была продажа
Верховный суд признал правомерным подачу уточненки за тот квартал, в котором товары были отгружены. Доводы налоговиков о том, что НДС, уплаченный по недействительной сделке, следовало заявлять к вычету по правилам п. 5 ст. 171 НК РФ, суд отклонил. Он указал: когда сделку признают недействительной, это фактически означает, что реализации имущества не было. Значит, НДС был уплачен излишне. Пункт 5 ст. 171 НК РФ применяется при возврате товаров в случае расторжения договора, а не признания сделки недействительной.