При расчете пропорции «входного» НДС учреждение должно учитывать субсидию на выполнение госзадания
Вывод АС Дальневосточного округа согласуется с мнением Минфина: правило ведения раздельного учета «входного» НДС применяется, когда налогоплательщик осуществляет в том числе операции, не признаваемые объектом обложения этим налогом. Позиция ведомства основывается на подходе ВАС РФ 2011 года.
Помимо операций, облагаемых НДС и освобождаемых от обложения этим налогом, учреждение выполняло работы, оказывало услуги в рамках госзадания, источником финансового обеспечения которого являлась субсидия из регионального бюджета. Такие операции согласно НК РФ не признаются объектом обложения НДС.
Учреждение приобретало товары, работы, услуги, которые использовались как в облагаемой, так и в не облагаемой НДС деятельности, в частности для выполнения работ, оказания услуг в рамках госзадания. Пропорциональное распределение сумм «входного» НДС было закреплено в учетной политике учреждения. Однако доведенные средства субсидий на выполнение госзадания не принимались при расчете пропорции. Суды признали, что установление такого порядка ведения раздельного учета не соответствует НК РФ.
Отметим, что Минфин не раз рассматривал вопрос о применении правила о раздельном учете НДС. В одном из разъяснений ведомство, ссылаясь на позицию ВАС РФ 2011 года, указало: это правило касается случаев, когда налогоплательщик осуществляет одновременно как облагаемые, так и не облагаемые НДС операции по любым основаниям, предусмотренным главой 21 НК РФ. Подход ВАС РФ разделяют КС РФ и ФНС. Принимая во внимание изложенное, учреждение при осуществлении операций, как облагаемых, так и не облагаемых НДС, для определения размера НДС, который можно принять к вычету, должно вести раздельный учет. Рассчитывая пропорцию в общей стоимости отгруженных товаров, выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав, нужно учитывать субсидию, поступившую учреждению на выполнение госзадания.

Минфин пояснил, какие средства учреждение может направить на капвложения
Ведомство «рассмотрело» вопрос о финансовом обеспечении расходов бюджетного учреждения на капитальное строительство, в том числе реконструкцию.
Бюджетным учреждениям из соответствующего бюджета предоставляются субсидии на финансовое обеспечение выполнения государственного (муниципального) задания, а также субсидии на иные цели.
Минфин «разъяснил», что неиспользованные остатки субсидии на госзадание можно направить, например, на капитальное строительство, в том числе реконструкцию, если это соответствует целям создания бюджетного учреждения и направлениям расходов в плане финансово-хозяйственной деятельности. Решение об использовании остатков таких субсидий вправе принять руководитель учреждения.
Средства целевой субсидии должны использоваться бюджетным учреждением для достижения конкретной цели, указанной в соглашении о предоставлении субсидии. Такие средства, «по мнению ведомства», нельзя направить на капитальное строительство, в том числе на реконструкцию.
Кроме того, Минфин «отметил», что бюджетное учреждение вправе направить на капитальные вложения средства, полученные от приносящей доход деятельности.
Отметим, что «разъяснение» ведомства могут учитывать и автономные учреждения. Они, как и бюджетные учреждения, помимо субсидий на выполнение государственного (муниципального) задания, могут получать субсидии на иные цели. Подобно бюджетным, автономные учреждения могут использовать остатки субсидий на госзадание